대학원으로의 진학은 대학졸업 이상의 자격으로, 한국에서 대학을 졸업하였을 경우 외국인 특별전형으로 응시할 수 있다.

대개 특별전형은 한국에서의 교수추천과 성적증명서 등이 필요하며, 선고기준은 전공한 학과와 관련학과가 기준이 된다. 그리고, 각 대학원은 전문적인 입시창구가 없는 학교가 대부분이어서 지망학과 교수에게 직접 응모하는 경우가 많다. 또, 일본에서의 대학졸업 후 대학원 진학시에는 외국인 특별전형이 해당이 않되는 학교가 많으므로 선택시 유의하자.

대학원은 2년간의 석사과정과 3년 이상의 박사과정으로 구분된다. 석사과정은 전공과목을 30단위이상 이수해야 하며 석사논문과 최종시험에 합격하여야 한다. 박사과정은 전기과정 2년과 후기과정 3년으로 나누어져 있다.

전후기를 합한 5년 일관제 박사과정을 채택한 학교도 있으며 후기 3년만의 박사과정을 채택한 학교도 있어, 수료기간과 전공과목에서 대학원이 정한 필요단위를 취득하고 박사논문과 최종시험에 합격해야 한다.
단, 의학.치학, 수의학의 박사과정은 6년의 학부 과정 수료 후 진학하며 수학 기간은 4년이다.